到达宝可梦塔的顶层，你得先搞定火箭队基地的剧情。从紫苑镇往左走，穿过地下隧道来到彩虹市，在游戏中心里会看到一个火箭队员站在海报前，打败他后调查海报，会出现秘密基地的楼梯。进去后一路清理火箭队成员，直到击败坂木老大拿到西鲁夫观测镜，这时候才能返回宝可梦塔看清那些挡路的幽灵。
拿到观测镜后，回到紫苑镇的宝可梦塔，原本看不见的幽灵现在会显示为可战斗的嘎啦嘎啦（30级，无法捕捉）。从塔的一层开始往上走，每层都会遇到训练家和野生宝可梦，建议提前准备好回复道具。二楼会碰到宿敌小茂，必须打赢他才能继续前进。中间几层有休息站可以恢复体力，但注意避开随机出现的幽灵训练家。
快到顶层时会遇到大量幽灵宝可梦，观测镜能让你正常触发战斗。顶层有个被火箭队困住的富士老人，救下他后会带你回他的家，并赠送宝可梦笛子。这个笛子很重要，之后能用来唤醒挡在12号路的卡比兽。如果中途迷路，记得塔内有些楼梯是双向的，多尝试不同路线就能找到正确路径。
如果队伍等级不够，可以先在塔内练级，但注意避开会诅咒技能的对手。顶层没有额外奖励道具，主要推进剧情后才能开启后续地图区域。
