花千骨手游的副本系统分布在游戏主界面的多个功能模块中，玩家可通过点击历练或挑战按钮进入副本选择界面。其中主线剧情副本位于历练栏目，按章节顺序排列，如序章花家小院、蜀山崖顶、长留林地等；精英副本、噩梦副本等进阶玩法则归类于挑战栏目，需满足特定战力或等级条件解锁。部分特殊副本如幽冥地狱、三生池水等需通过活动入口或任务指引触发。
副本入口的具体位置与游戏进度密切相关。例如幽冥地狱作为高难度副本，需玩家完成前置主线任务后方可在地图幽冥界区域激活；而师徒副本、金库探宝等限时玩法需通过每日活动面板参与。游戏内地图导航功能可辅助定位，部分副本入口会以绿色标记或特殊图标显示，玩家亦可通过与特定NPC对话获取副本开启线索。
常规历练副本允许单人挑战，而合作类副本如皇宫大殿、紫竹林等需组队进入。进入前需注意队伍配置，部分副本对灵宠搭配有隐性要求，例如杀阡陌副本推荐携带控制型灵宠单春秋，谛听狼兽副本则需高爆发输出阵容。副本界面会明确显示推荐战力、消耗体力值及奖励预览，玩家应根据自身实力选择难度等级。
若无法找到目标副本，可通过三种途径排查：一是检查主线任务进度，部分副本需完成指定剧情节点；二是确认等级限制，如九霄塔副本需角色达到40级；三是查看活动周期，限时副本如仙剑大会仅在特定时段开放。游戏内异朽阁熔炼系统可将重复掉落的装备转化为血石，用于兑换未获得的副本准入道具。
基础历练副本产出经验、金币及绿色装备，而噩梦副本、精英副本会掉落橙色套装部件及器灵等稀有资源。建议优先攻克当前战力匹配的副本，逐步积累装备精炼材料与灵魄碎片，为挑战高阶副本奠定基础。副本进度可通过界面左侧的任务追踪栏实时查看，避免遗漏关键关卡。
