瞳术系统是战斗体系的核心之一，不同种类的眼睛具备独特的能力和战斗效果。白眼、写轮眼、轮回眼作为三大瞳术，分别对应侦察、幻术与复制、以及掌控生死的能力。白眼起源于大筒木一族，拥有360°视角和透视查克拉流动的特性，适合辅助和战术布局；写轮眼则分为单勾玉至永恒万花筒多个阶段，进化后能施展天照、须佐能乎等强力技能；轮回眼作为终极瞳术，可操纵引力、召唤外道魔像，甚至复活亡者。这些差异直接影响角色的战斗定位和操作策略。
写轮眼的进阶路径尤为复杂，从基础的单勾玉到万花筒，每阶段解锁的能力不同。三勾玉阶段侧重洞察和复制，而万花筒则赋予专属禁术如月读和神威。永恒万花筒避免了失明风险，轮回眼更融合了阴阳遁之力。游戏内需通过剧情任务或抽卡获取对应忍者，搭配秘卷和通灵兽形成连招。佐助的轮回写轮眼兼具时空忍术，而斑的轮回眼偏重范围压制，说明同种瞳术因角色差异也存在细分效果。
白眼在实战中主要用于破解隐身和预判走位，日向宁次和雏田的技能多围绕点穴与柔拳设计。相比之下，轮回眼持有者如长门和佐助更擅长远程爆发，地爆天星等奥义可改变战场格局。玩家需根据敌方阵容选择克制瞳术，例如面对幻术系忍者时，白眼能减少被控概率，而对抗体术流则依赖写轮眼的复制反制。部分限定瞳术如血龙眼和净眼仅在特定活动中开放，需关注版本更新。
终极瞳术如辉夜的轮回写轮眼和舍人的转生眼属于特殊机制，前者关联无限月读剧情副本，后者需完成剧场版联动任务解锁。这些瞳术通常绑定高难度挑战，建议提升战力后再尝试获取。瞳术效果受角色等级和装备加成影响，例如写轮眼的幻术持续时间可通过符文延长。合理利用瞳术特性，能显著提升决斗场胜率，但需注意冷却时间和查克拉消耗的平衡。
新手建议优先获取三勾玉写轮眼忍者过渡，后期再追求轮回眼等高阶能力。掌握瞳术的释放时机和组合逻辑，是成为忍术大师的关键。
