舰船的自我控制主要依赖于策略值的合理分配和指令系统的精准操作。玩家需要先建立计划圈，通过消耗策略值下达行动指令，包括进攻、开采、驻守等基础功能。计划圈的建立是舰船行动的核心，它决定了舰队的移动范围和行动效率。增援指令可以快速调动不在基地的舰队，但需注意增援后的航行速度会调整为当前舰队的最慢速度，因此要避免高速舰与低速舰混编影响机动性。
舰船的自我控制还涉及资源开采与建筑部署的自动化管理。在地图资源带选择开采目标并建立计划后，工程舰会自动执行采集任务。若需建造建筑，需先选中目标位置点击对接指令，派遣舰队完成建造。前哨站无法享受对接加速效果，因此在迁移基地时要谨慎选择目标位置。驻守指令能有效保护资源带或建筑，但需要两支舰队共同执行，且仅在敌方主动攻击时才会触发反击机制。合理利用这些指令能减少手动操作频率，实现半自动化管理。
高阶自我控制技巧包括利用曲率航行提升母舰等大型舰船的机动性。先用高速护卫舰建立计划圈并抵达目标点，激活曲率航行支持后，再增援母舰使其以4500曲率速度快速抵达。不同类型的母舰需搭配相应舰种组队，例如CV3000适合与巡洋舰编队，而太阳鲸则适合搭配重甲战巡组成阵地战阵容。母舰的建造和部署需选择安全时段，避免因长途航行暴露基地位置。
舰船自我控制的另一关键是对战斗序列的优化。每艘舰船的武器系统有固定攻击优先级，例如斗牛级会优先攻击驱逐舰和护卫舰。玩家可通过调整舰队编成，利用红宝石级等克制舰种针对性反制敌方输出核心。维修舰在后期战斗中作用有限，建议仅在对抗NPC或低级城防时编入主力舰队。封锁指令可用于自动刷野怪，但需注意避免误伤盟友工程船引发矛盾。
阋神星等驱逐舰优先加点火炮集火和弹药强化以提升爆发输出，动力系统则推荐机动规避和紧急躲避强化以增强生存能力。装甲型舰船需优先提升护甲和能量抗性，而奶船则应专注冷却缩减和命中率。技术值的分配直接影响舰船的自动化作战效率，需根据战场需求动态调整。
